O FollowBuddy não é um daqueles apps que coletam senhas dos quais costumamos escrever aqui. Para seu crédito, ele usa o mesmo ponto de partida que o WhoUnfollowed: o próprio export "Baixar suas informações" do Instagram. Você solicita seus dados diretamente do Instagram, o Instagram te envia um arquivo ZIP, e você envia esse arquivo para o app em vez de digitar seu usuário e senha. Nesse ponto específico, o FollowBuddy acerta, e merece crédito por não seguir o pior hábito do setor.
Onde as duas ferramentas se separam é no que acontece depois. O FollowBuddy é um app móvel, só iOS e Android, e ver sua lista real de quem deixou de te seguir exige uma assinatura paga ativa. Você envia seus dados primeiro, e depois esbarra num paywall para ver os resultados. O WhoUnfollowed roda em qualquer navegador, sem download, sem loja de apps, e mostra o detalhamento completo de não-seguidores e quem deixou de te seguir de graça.
A diferença maior é a verificabilidade. O próprio marketing do FollowBuddy diz que seus dados não saem dos servidores deles, mas o app é de código fechado, então essa afirmação depende só de confiança. Não há código que alguém possa ler e confirmar. A lógica de processamento do WhoUnfollowed é de código aberto sob uma licença pública. O ZIP que você envia é processado inteiramente na aba do seu navegador, e qualquer pessoa com conhecimento técnico suficiente pode ir ver exatamente o que o código faz com seu arquivo, linha por linha.
Nenhum dos dois apps vai fazer sua conta do Instagram ser banida. Isso é genuinamente verdade para os dois. A questão é se você quer pagar uma assinatura para ver seus próprios dados, instalar um app para consegui-los, e confiar na palavra de uma empresa sobre como seu arquivo é tratado, ou obter a mesma resposta de graça, numa aba do navegador, com o código à vista de todos.